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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
14/02/2013 |
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Data da última atualização: |
08/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
BITAR, M.; DRUMMOND, M. G.; COSTA, M. G. S.; LOBO, F. P.; CALZAVARA-SILVA, C. E.; BISCH, P. M.; MACHADO, C. R.; MACEDO, A. M.; PIERCE, R. J.; FRANCO, G. R. |
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Afiliação: |
MAINÁ BITAR, UFRJ, UFMG; MARCELA GONÇALVES DRUMMOND, UFMG, Univ. Lille Nord de France; MAURICIO GARCIA SOUZA COSTA, UFRJ; FRANCISCO PEREIRA LOBO, CNPTIA; CARLOS EDUARDO CALZAVARA-SILVA, Fiocruz; PAULO MASCARELLO BISCH, UFRJ; CARLOS RENATO MACHADO, UFMG; ANDRÉA MARA MACEDO, UFMG; RAYMOND J. PIERCE, Univ. Lille Nord de France; GLÓRIA REGINA FRANCO, UFMG. |
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Título: |
Modeling the zing finger protein SmZF1 from Schistosoma mansoni: Insights into DNA binding and gene regulation. |
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Ano de publicação: |
2013 |
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Fonte/Imprenta: |
Journal of Molecular Graphics and Modelling, New York, v. 39, p. 29-38, 2013. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Zinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites revealed 415 genes hypothetically under SmZF1 control. Using an automatic annotation and GO assignment approach, we found that the majority of those genes code for proteins involved in developmental processes. Taken together, these results present a consistent base to the structural and functional characterization of SmZF1. MenosZinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites reve... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Ligação de DNA; Regulação gênica. |
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Thesagro: |
Schistosoma Mansoni. |
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Thesaurus Nal: |
DNA-binding proteins; Gene expression regulation; Zinc finger motif. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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520 $aZinc finger proteins are widely found in eukaryotes, representing an important class of DNA-binding proteins frequently involved in transcriptional regulation. Zinc finger motifs are composed by two antiparallel b-strands and one a-helix, stabilized by a zinc ion coordinated by conserved histidine and cysteine residues. In Schistosoma mansoni, these regulatory proteins are known to modulate morphological and physiological changes, having crucial roles in parasite development. A previously described C2H2 zinc finger protein, SmZF1, was shown to be present in cell nuclei of different life stages of S. mansoni and to activate gene transcription in a heterologous system. A high-quality SmZF1 tridimensional structure was generated using comparative modeling. Molecular dynamics simulations of the obtained structure revealed stability of the zinc fingers motifs and high flexibility on the terminals, comparable to the profile observed on the template X-ray structure based on thermal b-factors. Based on the protein tridimensional features and amino acid composition, we were able to characterize four C2 H2 zinc finger motifs, the first involved in protein?protein interactions while the three others involved in DNA binding. We defined a consensus DNA binding sequence using three distinct algorithms and further carried out docking calculations, which revealed the interaction of fingers 2?4 with the predicted DNA. A search for S. mansoni genes presenting putative SmZF1 binding sites revealed 415 genes hypothetically under SmZF1 control. Using an automatic annotation and GO assignment approach, we found that the majority of those genes code for proteins involved in developmental processes. Taken together, these results present a consistent base to the structural and functional characterization of SmZF1.
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700 1 $aFRANCO, G. R.
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| 5. |  | BERTIN, P. R. B.; MACHADO, C. R. de L.; VISOLI, M. C.; DRUCKER, D. P.; PINTO, D. M. A construção do Plano de Dados Abertos de uma organização pública de pesquisa e desenvolvimento e o desafio de uma ciência agropecuária aberta. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-7, 2017. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8a Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto - ConfOA. Na publicação: Claudia Delaia Machado.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Territorial. |
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| 6. | | BERTIN, P. R. B.; MACHADO, C. R. de L.; VISOLI, M. C.; DRUCKER, D. P.; PINTO, D. M. A construção do Plano de Dados Abertos de uma organização pública de pesquisa e desenvolvimento e o desafio de uma ciência agropecuária aberta. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-7, 2017. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8a Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto - ConfOA. Na publicação: Claudia Delaia Machado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 7. | | BERTIN, P. R. B.; MACHADO, C. R. de L.; VISOLI, M. C.; DRUCKER, D. P.; PINTO, D. M. A construção do Plano de Dados Abertos de uma organização pública de pesquisa e desenvolvimento e o desafio de uma ciência agropecuária aberta. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-7, 2017. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8a Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto - ConfOA. Na publicação: Claudia Delaia Machado.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 8. | | VISOLI, M. C.; BERTIN, P. R. B.; SILVA, A. R. da; MACHADO, C. R. de L.; GONZALES, L. E.; VACARI, I. Acesso aberto na Embrapa: breve histórico, avanços recentes e desafios. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-6, 2017. p. 1-6. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8ª Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto, 2017. Confoa.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 9. | | VISOLI, M. C.; BERTIN, P. R. B.; SILVA, A. R. da; MACHADO, C. R. de L.; GONZALES, L. E.; VACARI, I. Acesso aberto na Embrapa: breve histórico, avanços recentes e desafios. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-6, 2017. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8ª Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto, 2017. Confoa.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Solos. |
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| 10. | | VISOLI, M. C.; BERTIN, P. R. B.; SILVA, A. R. da; MACHADO, C. R. de L.; GONZALES, L. E.; VACARI, I. Acesso aberto na Embrapa: breve histórico, avanços recentes e desafios. Reciis: Revista Eletrônica de Comunicação, Informação & Inovação em Saúde, Rio de Janeiro, v. 11, p. 1-6, 2017. Suplemento. Trabalhos apresentados na 8ª Conferência Luso Brasileira sobre Acesso Aberto, 2017. Confoa. Na publicação: Alessandra Rodrigues Silva.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 11. | | AQUINO, A. M. de; ASSIS, R. L. de; MACHADO, C. R. de L.; PRADO, R. B.; PINTO, M. S. V.; CESAR, L. F.; AMORIM, M. A. Articulação pelos ambientes de montanha brasileiros = Articulation by brazilian mountain environments. In: INTERNATIONAL MEETING OF THE LATIN AMERICAN AND CARIBBEAN NETWORK FOR RESEARCH AND INNOVATION IN MOUNTAIN ENVIRONMENTS, 1., 2022, Nova Friburgo. Experience reports = Relatos de experiências = Informes de experiencia. Rio de Janeiro: Embrapa Solos, 2022. E-book. (Embrapa Solos. Documentos, 231). Relato 15 = Report 15.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Solos. |
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| 13. | | FREIRE, K. C. S; MACHADO. C. R.; LÉDO, A. da S.; BARBOZA, S. B. S. C.; SILVA JÚNIOR, J. F. da. Enraizamento in vitro de brotações adventícias de variedade botânica de mangabeira do Nordeste. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE FLORICULTA E PLANTAS ORNAMENTAIS, 16.; SIMPÓSIO DE PLANTAS ORNAMENTAIS NATIVAS, 1.; CONGRESSO BRASILEIRO DE CULTURA DE TECIDOS DE PLANTAS, 3., 2007, Goiânia. [Resumos...]. Goiânia: Revista Brasileira de Horticultura Ornamental, 2007. 1 CD-ROM. p. 715.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso | Circulação/Nível: -- - -- |
| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 15. | | MOURÃO, M. M.; BITAR, M. L.; LOBO, F. P.; GRYNBERG, P.; BORONI, M.; WAISBERG, M.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; FRANCO, G. R. Revealing new perspectives on the regulation of gene expression by the trans-splicing mechanism in Shistosoma mansoni. In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 7.; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE IBEROAMERICAN SOCIETY FOR BIOINFORMATICS, 3., 2011, Florianópolis. Proceedings... Florianópolis: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2011. Não paginado. X-MEETING 2011.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 16. | | MOURÃO, M. de M.; BITAR, M.; LOBO, F. P.; PECONICK, A. P.; GRYNBERG, P.; PROSDOCIMI, F.; WAISBERG, M.; CERQUEIRA, G. C.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; YOSHINO, T.; FRANCO, G. R. A directed approach for the identification of transcripts harbouring the spliced leader sequence and the effect of trans-splicing knockdown in Schistosoma mansoni. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, v. 108, n. 6, p. 707-717, Sept. 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 17. | | BITAR, M.; DRUMMOND, M. G.; COSTA, M. G. S.; LOBO, F. P.; CALZAVARA-SILVA, C. E.; BISCH, P. M.; MACHADO, C. R.; MACEDO, A. M.; PIERCE, R. J.; FRANCO, G. R. Modeling the zing finger protein SmZF1 from Schistosoma mansoni: Insights into DNA binding and gene regulation. Journal of Molecular Graphics and Modelling, New York, v. 39, p. 29-38, 2013.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital. |
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| 18. | | VIEIRA, H. G. S. V.; GRYNBERG, P.; BITAR, M.; PIRES, S. da F.; HILÁRIO, H. O.; MACEDO, A. M.; MACHADO, C. R.; ANDRADE, H. M. de; FRANCO, G. R. Proteomic analysis of Trypanosoma cruzi response to ionizing radiation stress. Cell Reports, v. 9, p. 378-390, 2014. (Open Acess)| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: C - 0 |
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| 19. | | AQUINO, A. M. de; ASSIS, R. L. de; CORDEIRO, P. R. C.; TEIXEIRA, A. J.; SILVA, L. L. da; SAMARY, F. T.; OLIVEIRA, S. L. P. de; YOSHIKO, T.; SILVA, M. L. P.; MACHADO, C. R. de L. Rede de fomento à cultura do lúpulo na Região Serrana Fluminense. In: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE PÓS GRADUAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO RURAL SUSTENTÁVEL, 2., 2019, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Unioeste, 2019.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Agroindústria de Alimentos; Embrapa Solos. |
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| 20. | | AQUINO, A. M. de; ASSIS, R. L. de; CORDEIRO, P. R. C.; TEIXEIRA, A. J.; SILVA, L. L. da; SAMARY, F. T.; OLIVEIRA, S. L. P. de; YOSHIKO, T.; SILVA, M. L. P.; MACHADO, C. R. de L. Rede de fomento à cultura do lúpulo na Região Serrana Fluminense. In: SEMINÁRIO INTERNACIONAL DE PÓS GRADUAÇÃO EM DESENVOLVIMENTO RURAL SUSTENTÁVEL, 2., 2019, Foz do Iguaçu. Anais... Foz do Iguaçu: Unioeste, 2019.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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